Eine wichtige Säule des Medizinstudiums ist die klinische Ausbildung im Krankenhaus. Ein eigenes Universitätskrankenhaus betreibt die Universität Bielefeld nicht. Sie kooperiert stattdessen mit ausgewählten Fachkliniken der drei Krankenhausträger der Region, die gemeinsam das "Universitätsklinikum OWL der Universität Bielefeld" bilden:
Das Evangelische Klinikum Bethel (EvKB) und das Krankenhaus Mara vereinen modernste Krankenhausversorgung mit dem über 150-jährigen Wertekanon der v. Bodelschwinghschen Stiftungen Bethel. Mit 1.755 Betten, über 5.000 Mitarbeiter*innen und 170.000 Patient*innen, die jährlich in den insgesamt 30 Kliniken, Instituten, Fachabteilungen und Zentren behandelt werden. Besondere Schwerpunkte sind: Epileptologie, Neurologie, Behindertenmedizin, Neurochirurgie, Psychiatrie, die Unfallmedizin im überregionalen Traumazentrum, die Anästhesiologie, Notfall- und Intensivmedizin, die Kinder- und Jugendmedizin und Kinderchirurgie mit dem Perinatalzentrum (Level I) sowie die interdisziplinäre Krebstherapie im Tumorzentrum. Die universitären Forschungsschwerpunkte Behinderung, Teilhabe, chronische Erkrankungen und assistive Technologien der neuen medizinischen Fakultät sind die DNA von Bethel.
Unter dem Leitspruch „Unsere Kompetenz für Ihre Gesundheit“ steht das Klinikum Bielefeld für patientenorientierte und moderne Hochleistungsmedizin. An den drei Standorten Klinikum Bielefeld Mitte, Klinikum Bielefeld Rosenhöhe und Klinikum Halle/Westfalen sichern über 3000 qualifizierte Mitarbeiter*innen an 365 Tagen pro Jahr und 24 Stunden am Tag die Versorgung der Patienten. Jährlich werden in den 30 Fachkliniken und Instituten des Klinikums mehr als 140.000 Patient*innen behandelt. Insgesamt verfügt das Klinikum über mehr als 1.200 Betten. Das Klinikum Bielefeld ist ein medizinisches Gesundheitszentrum mit höchstem Qualitätsanspruch. Die beste medizinische und pflegerische Versorgung sowie die Zufriedenheit der Patientinnen und Patienten haben oberste Priorität. Das Klinikum versteht sich als Partner für die Gesundheit der Menschen in der Region. Medizin auf dem aktuellen Stand und eine Behandlung auf menschlicher Ebene sind wesentliche Merkmale eines Aufenthaltes im Klinikum.
Das Klinikum Lippe ist eines der größten kommunalen Krankenhäuser in Deutschland und mit dem Campus Klinikum Lippe Teil des Universitätsklinikums OWL. Medizinische Forschung und innovative Diagnostik, qualifizierte Lehre und optimale Patientenversorgung stehen in über 30 Fachkliniken, Zentren und Instituten im Fokus. Mit Herz und Hightech engagieren sich rund 2.800 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter an den Standorten Detmold, Lemgo und Bad Salzuflen für rund 150.000 Patienten jährlich. Als Unternehmen der Gesundheit Lippe GmbH trägt das Klinikum mit 1.224 Betten und einer Vielzahl von Ambulanzen Verantwortung für die Gesundheitsversorgung der Bevölkerung in Lippe und darüber hinaus. Ob in der Familienklinik, den onkologischen Zentren oder der Altersmedizin: Patientinnen und Patienten finden im Klinikum Lippe einen kompetenten Ansprechpartner für nahezu jede gesundheitliche Fragestellung und jedes Lebensalter.