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Abteilung Psychologie

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© Enya Weidner

NeuroImaging Sprechstunde

Inhalte der Sprechstunde

Zielgruppe:

  • Studierende,
  • Promovierende, 
  • Post-Docs, 
  • die Fragen zur Planung, Erhebung und Auswertung von Bildgebungsstudien haben

Schwerpunkt:

  • Der Fokus liegt im Bereich MRT, kann bei Bedarf aber auch andere Fragestellungen der Neurowissenschaften ausgeweitet werden

Umfang: 

strukturelles MRT:

  • Volumetrie
  • Volumetrischen Analysen (SPM12, CAT12)
  • Analyse von Fasertrakten (DTI)
  • Analysen der Kortexoberfläche (FreeSurfer)
  • Trakt-Basierter Statistik (TBSS, Tracula)

funktionelles MRT: 

  • Aufgabenbezogene Fragestellungen (task fMRI) 
  • Netzwerkbezogene Fragestellungen (resting-state fMRI)
  • Analysen mit Matlab/SPM12, mit Freesurfer oder mit Python/NiLearn
  • Hilfestellung bei 
    • Visualisierung von Bildgebungsdaten (Mircron, MricroGL, FreeView, Papaya) 
    • Anatomischer und funktioneller Interpretation (Arbeit mit Hirnatlanten wie dem Harvard-Oxford Atlas und Online-Metaanalysen wie NeuroSynth.org)

Unterstützung bei: 

Planung und Erstellung von Experimenten, inklusive:

  • Erstellung und Vorbereitung von Stimuli
  • Entscheidung für ein Studiendesign 
  • Programmierung und Synchronisierung der Experimente

Weitere Beratungsthemen:

  • Maschinelles Lernen 
  • Mustererkennungsmethoden (Scikit-Learn)
  • Datenvisualisierung (Matplotlib, Seaborn) 
  • Effiziente Nutzung von Online-Datenbanken (NeuroVault.org, OpenNeuro.org)

Sprechzeiten

nach Vereinbarung

Kontakt

martin.wegrzyn@uni-bielefeld.de

MRT Analyse:

SPM12: https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/spm12/

CAT12: http://www.neuro.uni-jena.de/cat/

FreeSurfer: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/

TBSS: https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/TBSS/UserGuide

Tracula: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Tracula

NiLearn: http://nilearn.github.io/

Scikit-Learn: http://scikit-learn.org/stable/

Mricron: https://www.nitrc.org/projects/mricron

MricroGL: https://www.mccauslandcenter.sc.edu/mricrogl/home

Papaya: http://ric.uthscsa.edu/mango/papaya.html

FreeView: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeviewGuide/

Pandas: http://pandas.pydata.org/

Matplotlib: https://matplotlib.org/

Seaborn: http://seaborn.pydata.org/index.html

PsychoPy: http://www.psychopy.org/

NeuroSynth: http://www.neurosynth.org/

NeuroVault: https://neurovault.org/

OpenNeuro: https://openneuro.org/

Hirnatlanten: https://scalablebrainatlas.incf.org/

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