Mikrobielle Analysen und Services

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Institut f�r Bioinformatik-Infrastruktur an der Universit�t Bielefeld

Wir bieten Bioinformatik-Support, Compute-Ressourcen und Software-Tools f�r die mikrobielle Genomforschung. Im Rahmen von de.NBI b�ndeln wir unsere Bioinformatik-Expertise und technischen Einrichtungen an der Universit�t Bielefeld mit denen der Justus-Liebig-Universit�t in Gie�en und bilden so das BiGi Bioinformatics Resource Center. Im Jahr 2016 wurde durch die Otto-von-Guericke-Universit�t Magdeburg als neuer Partner unser Analyse-Portfolio �ber die mikrobiellen Genome hinaus um Metaproteome erg�nzt.

BiBi Microbial Bioinformatics betreibt, wartet und unterst�tzt eine breite Palette von Softwaretools und Anwendungen f�r die mikrobielle Analytik, insbesondere f�r die Analyse von Metagenomik und Postgenomik-Daten, zur Datenintegration und zur Datenvisualisierung. Dabei liegt der Schwerpunkt auf der First-Level-Support und der Bereitstellung von Hochleistungs-Rechendiensten f�r unterschiedliche Benutzerprofile.

Unser Angebot an L�sungen f�r die mikrobielle Bioinformatik reicht von vordefinierten Analyse-Workflows f�r typische Datenanalysen bis zu umfangreichen Software-Applikationen. Beispiele sind EMGB f�r die assemblierungsbasierte Metagenomik und Fusion f�r die Integration und kombinierte Analyse von postgenomischen Daten.

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EMGB
Der Elastic MetaGenome Browser (EMGB) ist eine Cloud-basierte� Metagenom-Analyse-Pipeline, f�r die Assemblierung qualit�tsgepr�fter Sequenzen, dem� Binning von Contigs sowie die taxonomische und funktionale Annotation von nachfolgender Genvorhersagen. EMGB verf�gt insbesondere �ber eine Weboberfl�che, um die resultierenden metagenomischen Daten schnell und effizient zu durchsuchen. Bis jetzt wurden mithilfe von EMGB Tausende von Metagenom-Datens�tzen in der de.NBI Cloud analysiert und �ber die Weboberfl�che zur Verf�gung gestellt.

EMGB web interface showing analysis results of its metagenomics pipeline. In this screenshot read count data is mapped on KEGG pathways | � Universit�t Bielefeld

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Fusion
Omics Fusion ist eine Webanwendung f�r die integrative Analyse von Omics-Daten, die eine umfassende Sammlung sowohl etablierter als auch neuer Tools und Visualisierungsmethoden anbietet, um Wissenschaftler bei der Erforschung mehrstufiger Omics-Daten zu unterst�tzen. Die Software konzentriert sich auf datenreicher Hochdurchsatz-Experimente aus dem Bereich der Transkriptomik, Proteomik und/oder der Metabolomik und bietet komfortable Funktionen f�r a) Manipulation von Omic-Daten, b) Analyse von Omic-Daten einschlie�lich Varianz-, Regressions- und Clusteranalyse und c) umfangreiche Datenvisualisierung. Dazu geh�ren beispielsweise Verfahren zur Visualisierung kombinierter Omics-Daten auf Stoffwechselweg-Karten.

Webbasierte Integration von Transkriptomik-, Proteomik- und Metabolomik-Daten in Omics Fusion: Datenimport aus Excel-Tabellen: A) Datenmanagement, Normalisierung, Transformation & Filterung B) Statistik- & Clusteranalysen C) Datenvisualisierungen: Punktwolken, Parallelkoordinaten, Box- und Whisker-Diagramme & Cluster-Profilierung D) Stoffwechsel-Zuordnung| � Universit�t Bielefeld

Link zu weiteren Informationen

Kontakt: Prof. Dr. Alexander Sch�nhuth

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